Genómica de Célula Única


Publicado en
Ciencias de la Vida
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Lunes, 18 Diciembre, 2017
Separación de Células Únicas en High Throughput

Históricamente, la Citometría de Flujo ha implicado el análisis de fenotipo celular, a nivel de población, más que a nivel unicelular. Por tanto, el análisis genético de poblaciones separadas por sorting, utiliza los valores medios de poblaciones heterogéneas.

Debido a la heterogeneidad celular, incluso entre células aparentemente idénticas, y a la necesidad de determinar marcadores moleculares, hay un creciente énfasis en el desarrollo de métodos para el estudio de células a nivel unicelular. El reciente análisis de ARN (RNA-seq) a nivel unicelular está proporcionando información fundamental para discernir y perfilar la variabilidad de célula a célula a nivel genómico.

Para poder llevar estos estudios a gran escala y con valor estadístico, es necesario realizar estos análisis a nivel high throughput. La metodología de sorting, es uno de los mejores métodos, debido a la gran cantidad de células que se pueden separar a alta velocidad, en base a diferentes marcadores biológicos.

Hasta la fecha, el hándicap de la técnica de sorting ha sido el requerimiento de técnicos especializados y con gran experiencia para realizar los ajustes ópticos y de fluídica de los equipos.

Para evitar pérdidas durante el proceso de purificación de ARN, se deben emplear volúmenes mínimos. Por este motivo, es fundamental la precisión de la posición de sorting en cada pocillo de la placa.

El Sorter SH800 de Sony tiene varias características que lo hacen idóneo para esta aplicación. Es un sistema completamente automatizado, emplea chips de microfluídica, con diversos tamaños de nozzle, para el empleo de células de diverso tamaño. Todos los componentes de fluídica son intercambiables por el usuario, para controlar la presencia de nucleasas tales como RNasa y asegurando la integridad de la muestra.

Angled Sorting Plate

Para maximizar la probabilidad de que la célula caiga sobre el buffer de lisis; aparte del adaptador para placas estándar de 96 o 384 pocillos, el equipo, dispone de un adaptador con un ángulo de inclinación de 4 grados.

 

 

Movimiento de la placa

El tiempo requerido para separar en placas de 384 pocillos no está determinado por la velocidad de sorting, sino por el movimiento de la placa, y la comunicación de esta con el Software. Sony ha desarrollado una alta precisión y velocidad de control de placa en este equipo.

Calibrado de alta precisión

El equipo realiza un calibrado automático de la posición de la placa.

Index Sorting

El software de Sorting Index, registra las coordenadas X e Y de cada célula o evento separado en placas mulipocillo. Este parámetro permite el seguimiento de la dispersión de luz y de intensidad de fluorescencia de cada célula individual separada en cada pocillo.

Además, los datos de fenotipo de cada célula individual separada pueden indexarse mediante el software, de modo que estos datos pueden ser integrados con ensayos de expresión génica.


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