DSP: la revolución en análisis de muestras de tejido


Publicado en
Ciencias de la Vida
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Jueves, 31 Mayo, 2018
Nanostring DSP (Digital Spatial Profiling)

Históricamente, la inmunohistoquímica y la inmunofluorescencia se han utilizado para evaluar la heterogeneidad de proteínas y ácidos nucleicos en cortes de tejido. Sin embargo, estas técnicas son muy limitadas debido al gran ruido de fondo, la difícil cuantificación y la baja capacidad de multiplexado. En una sola reacción, la tecnología DSP permite capturar la morfología del tejido mediante la interacción de anticuerpos marcados con sondas fluorescentes mientras que la expresión proteica en cada célula es obtenida gracias a los códigos de barras digitales. Esta técnica también permitirá analizar en solo dos secciones, el perfil de mRNA (hasta 770 genes) y proteínas.

 

¿Qué es el Digital Spatial Profiling (DSP)?

Digital Spatial Profiling (DSP) es una nueva plataforma desarrollada por Nanostring. DSP se basa en la tecnología de códigos de barras nCounter® que permite la caracterización digital de proteínas o mRNA con alto grado de multiplexado (hasta 800 plex) respetando el entorno espacial del tejido. El ensayo se basa en sondas de oligonucleótidos fotoescindibles que hibridan con mRNAs o acopladas a anticuerpos que reconocen proteínas. Después de la hibridación con las sondas en las secciones de tejido FFPE, éstas se liberan del tejido seleccionado mediante exposición a luz UV. Las sondas se recogen y se cuantifican en un ensayo nCounter estándar. Los recuentos obtenidos mapearán el tejido mediante la información obtenida de la ubicación continua de regiones de interés (ROI).

Proceso: aplicar marcadores de morfología (anticuerpos frente a proteínas que determinan un tipo celular) y cóctel de anticuerpos oligo-etiquetados (con sondas Nanostring que reconozcan proteínas y/o mRNAs).

Visualización: utilice imágenes de baja densidad de longitud de onda visibles para establecer la "geografía" del tumor. Seleccione regiones de interés (ROI) para analizar los perfiles génicos y/o proteicos.

Perfil analizado: sondas fluorescentes NanoString (barcodes) liberados mediante UV en ROI seleccionados

Placa: Almacene las sondas recogidas en placas de microtitulación, archive e hibride con los códigos de barras.

Recuenta digitalmente hasta 1 millón de puntos de datos por ROI

Analice los datos con el software de análisis avanzado nSolver™

Aplicaciones

Principalmente áreas

  1. Immuno-oncología: Información del tumor y el entorno del tumor
  2. Neurobiología: Interesante para analizar las interacciones de la microglía con las neuronas, interacciones intercelulares en general.  
DSP Instruments Grant Program Nanostring

Participa en la promoción DSP Instrument Grant Program de Nanostring y obtén un equipo para poder llevar a cabo estudios de perfiles proteicos y/o de expresión génica en cortes morfológicos tisulares. Esta técnica completamente novedosa es posible gracias a la tecnología de códigos de barras nCounter®, que permite la caracterización en ensayos multiplex. Las aplicaciones más comunes incluyen el análisis de las principales vías de Inmuno-oncología o Neuropatología para la investigación traslacional en muestras de tejido humano o de ratón. 

El instrumento se entregará coincidiendo con su lanzamiento comercial, actualmente previsto para la primera mitad de 2019.

Para obtener más información sobre DSP, visita www.nanostring.com/DSP. Fecha límite de envío de solicitudes 31 de Julio de 2018

 

 


 


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